A les comarques de l’Empordà trobem diverses zones naturals de gran valor ecològic, on és possible fer moltes activitats respectuoses amb el medi ambient. Les tres zones principals són els parcs naturals del Cap de Creus, dels Aiguamolls de l’Empordà i del massís del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter. Entre la variada oferta trobem una sortida en caiac per veure les vinyes de la DO Empordà, amb parada a una petita cala amb vista al cap de Creus i degustació de vins; les vies braves, itineraris marítims que ens permeten nedar en aigües obertes, practicar busseig de superfície (snorkel) o fer un baptisme de submarinisme; el salt en paracaigudes des d’Empuriabrava, amb vista del cap de Creus durant el descens; el senderisme pel tram del camí de ronda que passa pel cap de Creus, amb bonics trams de camí de ferradura; l’observació d’ocells en els Aiguamolls de l’Empordà, la pràctica de la vela des de l’Escala o la possibilitat de fer la via ferrada de cala del Molí, que transcorre per un paratge pròxim a la mar, inclosa en el Pla d’espais naturals. Hi ha, a més, altres figures de protecció del paisatge com ara el Paratge Natural d’Interès Nacional de l’Albera i els espais naturals del massís de Ses Salines, el massís de les Gavarres i l’Ardenya, on també és possible fer activitats envoltats per la natura.