In den beiden Landkreisen des Empordà gibt es verschiedene ökologisch wertvolle Gebiete, in denen umweltfreundliche Aktivitäten für Besucher angeboten werden. Die drei wichtigsten Naturschutzgebiete sind die Parcs Naturals Cap de Creus, Aiguamolls de l’Empordà und Montgrí, Illes Medes i el Baix Ter. Zum reichhaltigen Angebot gehört eine Kajak-Tour zu den Weinbergen der D.O. Empordà mit einer Weinverkostung in einer kleinen Bucht mit Blick auf das Cap de Creus. Im Rahmen des Projekts Vies Braves kann man auf dem offenen Meer schwimmen oder schnorcheln oder einen Schnuppertauchgang machen. In Empuriabrava werden Tandemsprünge mit dem Fallschirm angeboten, bei denen man im freien Fall einen berauschenden Blick auf das Cap de Creus hat. Eine weitere Option ist der camí de ronda zum Cap de Creus, der streckenweise nur ein Trampelpfad ist. Im Feuchtgebiet Aiguamolls de l’Empordà kann man Vögel beobachten. In L’Escala kann man segeln lernen. Auf dem Klettersteig in der Bucht Cala del Molí ist man am Meer unterwegs in einer Landschaft, die unter den Schutz eines regionalen Naturschutzplans gestellt wurde. Es gibt weitere Landschaftsschutzgebiete im Empordà, in denen man sich in herrlicher Natur bewegen kann. Dazu gehören das Paraje Natural de Interés Nacional de la Albera und die drei im Pla d’Espais Naturals Protegits geführten Regionen Massís de les Salines, Massís de les Gavarres und L’Ardenya.