En las comarcas del Empordà encontramos varias zonas naturales de gran valor ecológico, en las que es posible hacer numerosas actividades respetuosas con el medio ambiente. Las tres zonas principales son los Parques Naturales del Cap de Creus, Aiguamolls de l’Empordà y Massís del Montgrí, islas Medes i el Baix Ter. Entre la variada oferta encontramos una salida en kayak para ver las viñas de la D.O. Empordà, con parada en una pequeña cala con vistas al Cap de Creus y degustación de vinos; las vías bravas, itinerarios marítimos que nos permiten nadar en aguas abiertas, practicar el esnórquel o hacer un bautismo de submarinismo; el salto en paracaídas desde Empuriabrava, con vistas del Cap de Creus durante el descenso; el senderismo por el tramo de Camino de Ronda que pasa por el Cap de Creus, con hermosos tramos de camino de herradura; la observación de aves en los Aiguamolls del Empordà, la práctica de la vela desde l’Escala o la posibilidad de hacer la vía ferrata de cala del Molí, que transcurre por un paraje cercano al mar incluido en el Plan de Espacios Naturales. Existen, además, otras figuras de protección del paisaje como el Paraje Natural de Interés Nacional de la Albera y los Espacios Naturales Massís de les Salines, Massís de les Gavarres y l’Ardenya, donde también es posible hacer actividades rodeados por la naturaleza.